En el régimen general de IVA, el sistema de deducciones funciona de la siguiente manera: en cada fase de producción o distribución, el empresario debe calcular y facturar a su cliente el impuesto (IVA repercutido) que corresponde al precio de venta que aplica; pero cuando presenta las declaraciones a Hacienda, se deduce de aquél el importe del impuesto (IVA soportado) que ha gravado los elementos de su precio de coste (inversiones, materias primas, existencias, servicios recibidos, etc.) y no ingresa más que la diferencia entre el impuesto repercutido al cliente y el impuesto soportado.

Para tener derecho a la deducción de los IVAs soportados en las adquisiciones de bienes y servicios, es necesario que éstos sean utilizados en la realización de actividades que queden sujetas y no exentas de IVA (que lleven IVA). Por tanto, todos aquellos empresarios que realicen operaciones que no llevan IVA no tendrán derecho a deducir el IVA soportado en las adquisiciones de bienes y servicios (este criterio no se aplicará en el caso de exportaciones o entregas intracomunitarias de bienes, se trata de actividades exentas que generan derecho a deducción).

Cuando se realizan exclusivamente operaciones que lleven IVA, se tendrá derecho a deducir el 100 por 100 del IVA soportado en las adquisiciones de bienes y servicios para esa actividad. Pero si se realizan tanto operaciones que lleven IVA como otras que no lo lleven, se aplicarán unas reglas especiales de deducción (prorrata).

Para que el impuesto que haya gravado los bienes y servicios adquiridos o importados por el empresario pueda dar derecho a deducción, es necesario que estén directa y exclusivamente destinados al ejercicio de la actividad profesional o empresarial. No obstante, cuando se trate de bienes de inversión que no vayan a ser destinados exclusivamente para la actividad, cabrá una deducción parcial del IVA, de manera que, si va a ser utilizado tanto para fines empresariales como para fines privados, se permitirá deducir en la proporción en que vaya a ser utilizado para los primeros. La Ley de IVA define los bienes de inversión como aquellos que vayan a ser utilizados durante más de un año y superen el importe de 3.005,06 €. Esto es importante porque excluye de tal consideración bienes que contablemente si pueden calificarse como bienes de inversión y susceptibles de utilización personal y empresaria, ejemplo, ordenador portátil). En cuanto a los vehículos, se presume, salvo prueba en contrario, que se destinarán en un 50 por 100 para la actividad económica, salvo algunos casos especiales (se entienden destinados al 100 por 100 para la actividad los vehículos mixtos para transporte de mercancías, para transporte de viajeros, agentes comerciales, etc.).

Por otra parte, para que el IVA soportado por las adquisiciones de bienes y servicios sea deducible, es imprescindible tener una factura completa, no valiendo a estos efectos un ticket de caja (factura simplificada que no recoja todos los datos fiscales del destinatario).

Finalmente, si en un trimestre el IVA soportado supera el IVA facturado a los clientes, quedará un saldo a favor del empresario o profesional, que servirá para compensar las cuotas a ingresar en trimestres futuros. Los sujetos pasivos que no hayan podido efectuar las deducciones por exceder su importe del de las cuotas devengadas, pueden solicitar la devolución del saldo existente tanto a 31 de diciembre de cada año cumplimentando el apartado correspondiente en la declaración (casilla 600 del modelo F-69).

Existe un régimen especial, opcional, para las empresas cuyo tipo de actividad, exportadora, agrícola u otras, motiva que lo habitual sea que la liquidación de IVA periódica sea negativa, se trata del REDEME, Régimen de devolución mensual del IVA. En este régimen se puede solicitar la devolución de las cuotas resultantes en cada periodo de liquidación, que coincidirá con el mes natural. Es importante conocer que esta opción implica también la obligación de llevanza de libros en la sede electrónica de hacienda, a la que están sometidas las grandes empresas, es lo que se conoce como el SII, suministro inmediato de información. Esta opción se ejercita mediante el modelo censal F-65 en los plazos establecidos normativamente.