En el régimen general de IVA, el sistema de deducciones funciona de la siguiente manera: en cada fase de producción o distribución, el empresario debe calcular y facturar a su cliente el impuesto (IVA repercutido) que corresponde al precio de venta que aplica; pero cuando presenta las declaraciones a Hacienda, se deduce de aquél el importe del impuesto (IVA soportado) que ha gravado los elementos de su precio de coste (inversiones, materias primas, existencias, servicios recibidos, etc.) y no ingresa más que la diferencia entre el impuesto repercutido al cliente y el impuesto soportado.

Para tener derecho a la deducción de los IVAs soportados en las adquisiciones de bienes y servicios, es necesario que éstos sean utilizados en la realización de actividades que queden sujetas y no exentas de IVA (que lleven IVA). Por tanto, todos aquellos empresarios que realicen operaciones que no llevan IVA no tendrán derecho a deducir el IVA soportado en las adquisiciones de bienes y servicios (este criterio no se aplicará en el caso de exportaciones o entregas intracomunitarias de bienes).

Cuando se realizan exclusivamente operaciones que lleven IVA, se tendrá derecho a deducir el 100 por 100 del IVA soportado en las adquisiciones de bienes y servicios para esa actividad. Pero si se realizan tanto operaciones que lleven IVA como otras que no lo lleven, se aplicarán unas reglas especiales de deducción (prorrata).

Para que el impuesto que haya gravado los bienes y servicios adquiridos o importados por el empresario pueda dar derecho a deducción, es necesario que estén directa y exclusivamente destinados al ejercicio de la actividad profesional o empresarial. No obstante, cuando se trate de bienes de inversión que no vayan a ser destinados exclusivamente para la actividad, cabrá una deducción parcial del IVA, de manera que si va a ser utilizado tanto para fines empresariales como para fines privados, se permitirá deducir en la proporción en que vaya a ser utilizado para los primeros. En cuanto a los vehículos, se presume por ley, salvo prueba en contrario, que se destinarán en un 50 por 100 para la actividad económica, salvo algunos casos especiales (se entienden destinados al 100 por 100 para la actividad los vehículos mixtos para transporte de mercancías, para transporte de viajeros, agentes comerciales, etc.).

Por otra parte, para que el IVA soportado por las adquisiciones de bienes y servicios sea deducible, es imprescindible tener una factura completa, no valiendo a estos efectos un ticket de caja.

Finalmente, si en un trimestre el IVA soportado supera el IVA facturado a los clientes, quedará un saldo a favor del empresario o profesional, que servirá para compensar las cuotas a ingresar en trimestres futuros. Los sujetos pasivos que no hayan podido efectuar las deducciones por exceder su importe del de las cuotas devengadas, pueden solicitar la devolución del saldo existente tanto a 31 de diciembre de cada año cumplimentando el apartado correspondiente en la declaración trimestral (casilla 600 del modelo F69)

Desde 2009 se puede solicitar la devolución mensual de IVA, debiendo inscribirse en el registro habilitado al efecto por Hacienda Foral.

La Administración procederá, en su caso, a practicar liquidación provisional dentro de los seis meses siguientes al término del plazo previsto para la presentación de la autoliquidación en que se solicite la devolución del Impuesto.